Todas as madeiras da cobertura foram substituídas por novas segundo o novo projecto. O arquitecto dono da obra achou o trabalho tão agradável que propôs ao arquitecto autor do projecto que todo este madeiramento ficasse visível. Todo o novo madeiramento bem como as tábuas de forro foram tratados com produto xilófago incolor como tratamento preventivo.

Os novos rebocos foram executados também recorrendo à utilização de Cal Hidráulica natural pré doseada de forma a ser o mais possível compatível com o suporte de pedra ragamassada existente. Iniciou-se o trabalho por aplicação do salpico, seguindo-se posteriormente para o encasque e finalmente para o reboco.

Todo o trabalho de restauro dos alteres bem como as obras de arte que guarneciam a igreja de Santa Ana sofreram um cuidadoso trabalho de conservação e restauro que foi elaborado por cinco técnicos superiores formados em diversas áreas de conservação e restauro formando uma equipa multidisciplinar.